在最新的研究中，研究人员将接受异基因造血干细胞移植手术的患者随机分为两组：一组接受标准治疗，另一组接受（auto-FMT）治疗。结果发现， auto-FMT组能使患者的有益肠道细菌在数天内恢复到接近基线水平，从而恢复其消化、免疫和其他基本功能。而标准治疗组，患者有益菌通常需要数周时间才能从抗生素治疗中恢复，且会面临其他传染病（艰难梭状芽胞杆菌，Clostridium difficile）的风险。
美国国立卫生研究院下属的国家过敏和传染病研究所（National Institute of Allergy and Infectious Diseases，NIAID）为部分项目提供了资金。
NIAID主任Anthony S. Fauci博士说:“这项重要的研究表明，使用（auto-FMT）的临床干预可以安全地逆转广谱抗生素治疗的破坏性影响。如果该结果在更大范围的研究中得到证实，就可以在强化抗菌治疗后迅速恢复人体健康的微生物群。”
同种异体造血细胞移植需要捐赠者（通常是家族成员）提供给受体干细胞，这些干细胞可以重建骨髓造血细胞和免疫功能，以便对抗癌症。虽然抗生素对于预防干细胞受者的细菌感染至关重要，但是，抗生素也会破坏有益的细菌；这些细菌可以增强免疫功能和抵抗感染。有益菌的丧失增加了某些危及生命的传染病和移植物抗宿主病(GVHD)的风险。
这项研究的对象是癌症患者，他们提供自己的粪便样本，这些样本在细胞移植前被冷冻和储存。几周后，当医生证实移植的细胞正在生长时，他们评估了病人有益的肠道细菌的状况。前25名缺乏已知有益菌的患者被纳入了研究，并被随机分配到不同的治疗组：14名接受灌肠（auto-FMT）治疗，11名接受标准治疗。
结果显示，接受（auto-FMT）治疗的患者，其细菌多样性、成分和功能均持续恢复；11例对照组有益菌的恢复延迟。
研究人员将继续监测研究患者，以确定auto-FMT是否改善患者预后，如细菌、病毒和真菌感染的发生率和严重程度，以及GVHD的发生率和严重程度。而来自健康捐赠者的FMT在恢复有益细菌方面是否会像病人自己的粪便样本一样有益，还有待进一步研究。
